河鲀毒素所在部位为鱼体内脏，其包括：生殖腺、肝脏、肠胃等部位，其含毒量的大小，又因不同养殖环境及季节上变化而有差别，按长江河鲀和人工养殖河鲀的实例证明，各器官毒性比较如下：卵巢→脾脏→肝脏→血筋→眼睛→鳃耙→皮→精巢→肌肉。养殖河鲀（2龄以上）其器官毒性比较与野生河鲀一致，但含毒素量较低。
生殖腺就是卵巢及精巢。卵巢含剧毒，为河鲀含毒量最大的强毒部分之一。精巢是微毒或无毒；卵巢与精巢为长圆形，位于腹腔后部，肛门附近。二者在生殖时期，易于辨别，睾丸为乳白色，卵巢为浅黄色；横断切面，精巢呈白乳糜状，而卵巢则呈颗粒状；但秋后因生殖期已过，卵巢与精巢皆呈萎缩，二者间较难辨别。
肝脏为一较大纵长的器官，位于腹腔的右侧，上接膨大的胃部，下部尖端达肛门附近，呈灰褐色，内侧具有一绿色的胆囊。肝脏为河鲀剧毒部分，食河鲀时宜特别注意在食前务必剖除干净，人工养殖的可以通过油煎后食用。
皮肤和血液 皮肤含毒量因河鲀种类而异，河鲀皮肤含毒量甚微或无毒。血液特别是两块所谓脊血块即脾脏含有剧毒。
肠胃胃部甚大，能吸入水或空气，使其膨大，胃之下为肠，肠在腹腔内作二回折即达肛门，胃和肠也有毒，但毒性比卵巢及肝脏小得多。
肌肉肌肉可视为无毒，所以只要挖去河鲀的内脏，再剥去皮，洗得干净，是不会有毒的。但河鲀死后较久，内脏的毒素溶在体液中，时间一久，可以渗入肌肉，不可不防。特别是制作鱼片（鱼生），用2%～5%碱液浸洗，更加安全。
河鲀的卵巢和肝脏为河鲀内脏中第二大剧毒脏器，其含毒量的多少，常随季节上的变化而有差异，每年2～5月为卵巢发育期，毒性较强，到6～7月后，产卵期已过，卵巢萎缩，毒性亦减弱。肝脏和卵巢相同，普遍亦为春季毒性较强。此外，不同种类，其含毒量也不一致，而且即使同一种，有时含毒也不一致，一般雌的比雄的毒性强。
